اساس فرهنگ سازمانی یک شرکت را ارزش‏های محوری آن سازمان شکل می‏دهد. ارزش‏ها تمام خط قرمزهای سازمان است که به هیچ عنوان زیرپا گذارده نمی‏شود. ارزش‌های سازمانی در شرکت شیر پاستوریزه پگاه به شرح زیر می باشد:
ارزش‏ افزایی برای ذینفعان
درستکاری و اعتماد متقابل
همدلی و هم‏ افزایی
انگیزه و نشاط
حفاظت از محیط زیست و کار
یادگیری و نوآوری
انضباط سازمانی، ایمنی و دقت
حذف مستمر اتلاف‏ها (ناب بودن)
تندآموز و واکنش سریع (چالاک بودن)
یکپارچگی در بکارگیری منابع